استنكرت جمعية متخرجي المقاصد الإسلامية في بيروت، جريمة قتل الشيخ أحمد الرفاعي، وقالت في بيان: "ببالغ الحزن والأسى تلقينا خبر استشهاد فضيلة الشيخ أحمد شعيب الرفاعي. نعبر من عميق قلوبنا عن استنكارنا لهذه الجريمة البشعة، ونرفع أسمى آيات العزاء إلى السادة الأشراف آل الرفاعي الكرام، وسماحة مفتي الجمهورية اللبنانية الشيخ الدكتور عبد اللطيف دريان، وسماحة مفتي عكار الشيخ زيد بكار زكريا ودار الفتوى في الجمهورية اللبنانية وأحباب الشيخ الرفاعي وطلابه"، منوهة ب"دور سماحة مفتي الجمهورية ومفتي عكار ووجهاء الشمال على درء الفتنة في مهدها، ومنع استغلال الجريمة لمآرب مشبوهة".
وحيت شعبة المعلومات في قوى الأمن الداخلي ومخابرات الجيش اللبناني والامن العام وكل من ساهم في "كشف ملابسات الجريمة لدرء الفتنة والاستغلال".