الضغوط التي مورِسَت على مفوّض الحكومة لدى المحكمة العسكرية، القاضي فادي عقيقي، أثمرت رضوخه لها، وتراجعه عن خطوة استدعاء رئيس حزب القوات اللبنانية، سمير جعجع، إلى التحقيق بصفته شاهداً في قضية مجزرة الطيونة. فبعد تدخل البطريرك الماروني بشارة الراعي، وضغوط السفيرة الأميركية دوروثي شيا، قرر القاضي عقيقي إزاحة مسألة استدعاء جعجع عن كاهله، وأحالها على قاضي التحقيق العسكري الأول فادي صوان. وبات للأخير الحق بالاستجابة لطلب عقيقي، أو أن يصرف النظر عنه. وفي الحالة الثانية، يحق لعقيقي الطعن في قرار صوان. لكن، وبحسب المسار السياسي للأمور، بات مستبعداً أن يلجأ صوان إلى استدعاء جعجع للاستماع إلى إفادته، خصوصاً أنه قريب سياسياً من حلفاء معراب، فضلاً عن كونه تعرّض لهجمة قاسية من خصوم رئيس القوات عندما كان محققاً عدلياً في قضية تفجير المرفأ، قبل نقل الدعوى منه وتعيين القاضي طارق البيطار بديلاً منه.
وقد تقدّم وكلاء الدفاع عن عدد من الموقوفين في ملف الطيونة بطلب من محكمة الاستئناف في بيروت، لرد القاضي عقيقي. المحكمة التي يرأسها القاضي نسيب إيليا أبلغت عقيقي بالطلب، وأمهلته 3 أيام للتعليق عليه. وبحسب مصادر قضائية، من المستبعد أن تقرر المحكمة رد القاضي عقيقي ومنعه من متابعة الملف، بسبب ضعف الحجج المقدّمة لها. وتجدر الإشارة إلى أن عقيقي لم يعد يتولى التحقيق في مجزرة الطيونة، بعد ادعائه على 68 شخصاً، أبرزهم المسؤول عن أمن جعجع، سيمون مسلّم، وإحالته الملف مع الموقوفين على قاضي التحقيق، كما بعد إحالته المحضر الإلحاقي المتعلق باستدعاء جعجع والسعي إلى تحديد مشاركين في إطلاق النار.